Từ năm 1986, tình hình khu vực biển quần đảo Trường Sa có những diễn biến phức tạp.
Cuối tháng 12 năm 1986, Trung Quốc cho máy bay và tàu thuyền có cả tàu chiến hoạt động trinh sát, thăm dò từ khu vực đảo Song Tử Tây đến khu vực đảo Thuyền Chài. Philippines đẩy mạnh việc vận chuyển xây dựng công trình trên các đảo của họ đóng giữ (Song Tử Đông, Pa-na-ta). Cùng lúc đó ở phía nam Trường Sa, Malaysia bí mật đưa lực lượng ra chiếm đóng bãi đá Kỳ Vân và tháng 1 năm 1987, Malaysia chiếm đóng bãi đá Kiều Ngựa, làm cho tình hình thêm căng thẳng. Đảng ủy và Bộ Tư lệnh nhận định có khả năng Trung Quốc và các nước sẽ đóng thêm một số đảo khác .
Đầu tháng 3 năm 1987, Quân chủng điều lực lượng công binh, tàu chiến đấu, tàu vận tải của Vùng IV và Lữ đoàn 125 ra đóng giữ bảo vệ đảo chìm Thuyền Chài. Đây là đảo năm 1978 quân chủng đã đưa lực lượng ra đóng giữ bảo vệ, song vì điều kiện đảo là bãi đá ngầm, việc bảo đảm cho bộ đội ăn ở sinh hoạt, chiến đấu gặp rất nhiều khó khăn, nên ta tạm thời rút bộ đội về đất liền.
Tháng 6 năm 1987, Trung Quốc tiến hành diễn tập quân sự bất thường ở phía nam biển Đông và giữa tháng 10, tháng 11 năm 1987, họ lại đưa tàu nghiên cứu Hải Dương 4 và một số tàu chiến đi qua các đảo An Bang, Thuyền Chài, Trường Sa Đông, Trưởng Sa, Song Tử Tây; có lúc các tàu này vào sát đảo của ta khoảng 1 hải lý.
Ngày 24 tháng 10 năm 1987, Tư lệnh Quân chủng ra lệnh chuyển trạng thái sẵn sàng chiến đấu từ thường xuyên lên tăng cường cho Lữ đoàn 146, Vùng IV Hải quân, song yêu cầu các đơn vị đảo phải hết sức cảnh giác, tránh âm mưu khiêu khích của đối phương. Đảng ủy và Bộ tư lệnh chủ trương phòng thủ quần đảo Trường Sa "Đóng thêm một số đảo xung quanh các đảo đã đóng giữ, để tạo nên sức mạnh của một cụm đảo". Ngày 25 tháng 10 năm 1987, Tư lệnh Quân chủng lệnh cho Vùng IV nhanh chóng tổ chức lực lượng ra đóng giữ các đảo Tiên Nữ, Đá Lớn, Đá Tây, Chữ Thập. Vùng IV bắt tay ngay vào triển khai nhiệm vụ. Mặc dù hết sức cố gắng, song lúc này thời tiết cuối năm gió mùa sóng lớn, phương tiện của ta nhỏ bé, chất lượng kỹ thuật không bảo đảm, hơn nữa các đảo này là những bãi đá ngầm, ta chưa chuẩn bị kịp các trang bị phương tiện để tổ chức cho bộ đội đóng giữ, ăn, ở sinh hoạt và chiến đấu, nên kế hoạch đóng giữ 4 đảo này chưa thực hiện được.
Ngày 28 tháng 10 năm 1987, tàu 613 đưa một phân đội chiến đấu thuộc Lữ đoàn 146, một trung đội công binh, do đồng chí Nguyễn Trung Cảng, Phó Lữ đoàn trưởng chỉ huy ra đóng giữ đảo Đá Tây. Do sóng to gió lớn, gặp khó khăn trong xây dựng công sự chốt giữ, nên sau một thời gian, tàu 613 chở bộ đội về Cam Ranh.
Ngày 6 tháng 11 năm 1987, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ra Mệnh lệnh bảo vệ quần đảo Trường Sa, giao cho Quân chủng Hải quân "Đưa lực lượng ra đóng giữ các bãi đá cạn chưa có người, không chờ chỉ thị cấp trên". Chấp hành lệnh của trên, tháng 12 năm 1987, Quân chủng đưa lực lượng ra đóng giữ đảo Đá Tây, đồng thời khẩn trương đóng các phương tiện chuyển tải và các pông-tông là các căn cứ nổi làm nhiệm vụ chốt giữ bảo vệ các đảo chìm (bãi đá cạn) trên quần đảo Trường Sa.
Ngày 2 tháng 12 năm 1987, tàu HQ 604 thuộc Lữ đoàn 125 đưa bộ đội cùng vật liệu đến xây nhà cấp 3 ở đảo Đá Tây. Sau một thời gian lao động khẩn trương, cán bộ, chiến sĩ đã hoàn thành khu nhà ở, nhà trực, tổ chức canh gác, bảo vệ đảo.
Đầu năm 1988, tình hình khu vực Trường Sa đột ngột trở nên căng thẳng. Ngày 9 tháng 1 năm 1988, Đảng ủy Quân chủng họp nhận định: Trung Quốc sẽ tiến hành các hoạt động quân sự tranh chấp chủ quyền hải đảo chiếm một số bãi san hô nổi hoặc chìm khi nước lên, xen kẽ với các đảo của ta. Các nước khác có thể tranh chấp thêm các đảo kể cả khi có xung đột với nhau. Cũng có nước có thể chiếm đóng một số đảo nằm giữa Kỳ Vân và Ri-gân. Cuộc tranh chấp các đảo đang trở thành nguy cơ trực tiếp đe dọa Việt Nam và các nước trong khu vực. Ở Bắc Bộ, Trung Quốc có thể triển khai thêm khu vực khai thác dầu khí, sử dụng không quân và hải quân bảo vệ gây tình hình căng thẳng ở khu vực này. Ở vịnh Thái Lan, Hải quân Mỹ thường xuyên qua lại có thể hỗ trợ cho hải quân Thái Lan mở rộng hoạt động, gây mất ổn định, uy hiếp chủ quyền vùng biển, hải đảo của ta ở phía Nam.
Ngày 22 tháng 1 năm 1988, Trung Quốc đưa 4 tàu gồm: hộ vệ tên lửa, tuần dương, tàu dầu, tàu đổ bộ và một số tàu khác đến chiếm đóng đảo Chữ Thập. Tiếp đó, Trung Quốc đưa một lực lượng lớn gồm 2 tàu hộ vệ tên lửa, 2 khu trục tên lửa, 4 tàu bảo đảm đậu xung quanh đảo, khống chế không cho tàu thuyền các nước qua lại để bảo vệ đảo Chữ Thập. Hải quân Trung Quốc còn tổ chức ba cụm tuyến hoạt động gồm: Cụm phía sau lấy Hoàng Sa làm căn cứ thường xuyên có tàu hộ vệ pháo, hộ vệ tên lửa, khu trục tên lửa, tuần dương, các tàu ngầm và tàu hộ tống nhằm ngăn cản, uy hiếp lực lượng tàu hải quân ta hoạt động ở vịnh Bắc Bộ, gây khó khăn cho ta trong việc triển khai hoạt động bảo vệ vùng biển phía Nam; cụm ngăn chặn lực lượng hải quân ta ở đông bán đảo Cam Ranh, Cù Lao Thu và cụm Chữ Thập âm mưu khống chế ta ở khu vực Trường Sa, nếu có thời cơ phát triển lực lượng xuống khu vực phía Nam.
Ngày 23 tháng 1 năm 1988, tàu 613 thuộc Vùng 4 hải quân chở lực lượng và vật liệu ra đảo Tiên Nữ. Sau hai ngày vật lộn với sóng to, gió lớn, tàu đến Tiên Nữ. Phương châm xây dựng là làm đến đâu chắc đến đó. Đầu tháng 2 năm 1988, cán bộ, chiến sĩ trên đảo hoàn thành nhà ở cấp 3, nơi sinh hoạt, bếp ăn và triển khai phương án sẵn sàng chiến đấu bảo vệ đảo.
Ngày 27 tháng 1 năm 1988, tàu HQ-611 và tàu HQ-712, do đồng chí Công Phán, Lữ đoàn trưởng Lữ đoàn 146 làm biên đội trưởng, đồng chí Nguyễn Thế Dân, Phó tham mưu trưởng Vùng 4 hải quân làm biên đội phó, chỉ huy 1 đại đội công binh và 2 khung đảo của Lữ đoàn 146 đến đóng giữ đảo Chữ Thập. Ngày 29 tháng 1, tàu bị hỏng máy phải dừng lại sửa chữa, đồng chí Nguyễn Thế Dân chuyển sang tàu HQ-07 thuộc Lữ đoàn 171 đi làm nhiệm vụ bảo vệ đảo Đá Lớn. Đồng chí Công Phán ở lại, sau khi tàu sửa chữa xong tiếp tục chỉ huy biên đội tiến về phía đảo Chữ Thập. Sáng ngày 30 tháng 1, khi cách đảo 5 hải lý, thì phát hiện 4 tàu chiến đấu của Trung Quốc, gồm 2 tàu hộ vệ tên lửa, 2 tàu hộ vệ pháo ra ngăn cản, có lúc chỉ cách 300m, không cho tiếp cận đảo, tàu đành phải quay về Trường Sa Đông, không thực hiện được việc đóng giữ đảo Chữ Thập như kế hoạch đề ra.
Cuối tháng 1 năm 1988, tàu HQ-851, tàu HQ-852 đang bảo dưỡng định kỳ ở nhà náy Ba Son, nhận được lệnh ra đốc về Sở chỉ huy Quân chủng ở Cam Ranh nhận nhiệm vụ.
Ngày 31 tháng 1 năm 1988, Trung Quốc đưa thêm lực lượng củng cố đảo Chữ Thập thành căn cứ để khống chế ta ở khu vực Trường Sa. Khi chiếm đóng đảo Chữ Thập, Trung Quốc đã bộc lộ rõ âm mưu tranh chấp với ta ở Trường Sa. Trước diễn biến mới, Đảng ủy và Bộ Tư lệnh Quân chủng chủ trương hành động, tập trung cao nhất khả năng lực lượng của Quân chủng vào đấu tranh bảo vệ chủ quyền vùng biển và quần đảo Trường Sa, chạy đua với thời gian nhanh chóng đóng giữ các đảo theo kế hoạch; đồng thời đề xuất với Đảng, Chính phủ phát động phong trào "Cả nước hướng về Trường Sa", "Ủng hộ, chi viện Trường Sa và vì Trường Sa". Đảng ủy Quân chủng xác định rõ lúc này "Nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền vùng biển và quần đảo Trường Sa là nhiệm vụ quan trọng nhất, khẩn trương nhất và vinh quang nhất của Quân chủng Hải quân". Toàn quân chủng bước vào chiến dịch “CQ-88" (Chủ quyền - 1988) với ý chí và quyết tâm mạnh mẽ.
Trong suốt quá trình tham gia và phục vụ chiến dịch CQ-88, thành tích nổi bật của vùng là đơn vị tàu quét mìn HQ-851 Lữ đoàn 161, do Thiếu tá Hoàng Thái Lan, thuyền trưởng; Đại úy Đặng Huy Hùng, thuyền phó chính trị chỉ huy, đã hoạt động liên tục 3 tháng 9 ngày bảo vệ chủ quyền vùng biển quần đảo Trường Sa.
Ngày 3 tháng 2 năm 1988, khi đang nằm sửa chữa định kỳ tại Nhà máy Ba Son thì tàu HQ-851 nhận được lệnh xuất xưởng đi làm nhiệm vụ ở Trường Sa. Đúng theo kế hoạch, ngày 6 tháng 2 tàu cập cảng Cam Ranh và ngay tối hôm đó, đồng chí thuyền trưởng lên nhận lệnh trực tiếp từ đồng chí Tư lệnh Quân chủng. Sau khi giao nhiệm vụ, đồng chí Tư lệnh nhấn mạnh, tình hình rất cáng thẳng, khẩn trương, ta và đối phương giành giật nhau từng hòn đảo, hai bên có thể nổ súng và các đồng chí có thể phải hy sinh, nhưng để giữ được đảo cho Tổ quốc cần 1 chiếc tàu HQ-851 hy sinh chứ cần đến 10 chiếc tàu như HQ-851 hy sinh thì ta cũng phải hy sinh. Nếu để mất đảo thì sau này có cần đến 100 tàu như 851 hy sinh ta cũng khó lấy lại được đảo. Nhận thức sâu sắc ý nghĩa của nhiệm vụ mới, chi bộ tàu HQ-851 khẩn trương tổ chức quán triệt, xây dựng quyết tâm cho cán bộ và đơn vị, nhanh chóng tiến hành công tác chuẩn bị, nhận thêm vũ khí, đạn dược, lương thực, thực phẩm, dầu, nước.
Ngày 4 tháng 2 năm 1988, Thường vụ Đảng ủy Quân chủng họp nhận định: Trung Quốc đã cho quân đóng trên đảo Chữ Thập, trước mắt ta chưa đóng xen kẽ vì họ ngăn chặn ta từ xa. Họ có thể mở rộng phạm vi chiếm đóng sang các đảo Châu Viên, Đá Đông, Đá Nam, Tốc Tan và đóng xen kẽ những bãi đá ta đang đóng giữ. Do đó, ta phải nhanh chóng đưa lực lượng ra đóng giữ Đá Lát, Đá Lớn, Châu Viên. Tình hình nhiệm vụ của Quân chủng ở quần đảo trường Sa khẩn trương, cấp bách. Được sự đồng ý của trên, Quân chủng thành lập Sở chỉ huy tiền phương tại Cam Ranh, do đồng chí Giáp Văn Cương làm Tư lệnh kiêm tư lệnh Vùng 4. Các cơ quan: tham mưu, chính trị, hậu cần, kỹ thuật đều tổ chức các bộ phận tiền phương của ngành để kịp thời giải quyết mọi mặt theo yêu cầu đóng giữ, bảo vệ Trường Sa và DKI. Cục Kỹ thuật đã chỉ đạo các nhà máy, xưởng trạm, kho tàng lập các tổ đội sửa chữa động thường trực tại các khu vực Cam Ranh, Nha Trang, Đà Nẵng, Vũng Tàu và bám theo tàu thuyền các đơn vị để sửa chữa, bảo đảm kỹ thuật cho các hoạt động đóng giữ, bảo vệ các đảo và căn cứ.
Ngày 5 tháng 2 năm 1988, lực lượng của ta ra chiếm giữ đảo Đá Lát. Ngày 6 tháng 2 năm 1988, biên đội tàu 611 và 712 đang neo đậu ở đảo Trường Sa Đông đưa bộ đội đến đóng giữ đảo Đá Lớn.
Ngày 8 tháng 2 năm 1988 tàu HQ-851 xuất phát đi làm nhiệm vụ. Trên đường hành quân một số cán bộ, chiến sĩ tỏ ra lo lắng căng thẳng, chi bộ và chỉ huy tàu tiếp tục tổ chức quán triệt nhiệm vụ củng cố ý chí quyết tâm chiến đấu cho toàn chi bộ và tàu. Thực hiện đúng kế hoạch công tác, ngày 10 tháng 2 tàu HQ-851 đến đảo Trường Sa Lớn, neo đậu tại đây một đêm, chỉ huy tàu làm việc với chỉ huy đảo, truyền đạt mệnh lệnh, ý đồ của Tư lệnh. Sáng 11 tháng 2 tàu nhổ neo hướng về đảo Trường Sa Đông. Tại đây sau khi làm việc với chỉ huy đảo xong, tàu tiếp tục hành trình đến đảo chìm Đá Đông. Đến đảo Đá Đông, tàu HQ-851 tiến hành các hoạt động khảo sát đo độ sâu xác định các khu vực neo đậu và chốt lại ở đây, trực bảo vệ đảo.
Ngày 13 tháng 2, tại đảo Đá Lớn, Lữ đoàn 125 cho tàu 505 kéo tàu LCU 556 cùng bộ phận làm nhà cao chân đóng giữ đảo Đá Lớn. trong khi ta đang tiến về phía đảo, thì phát hiện tàu khu trục và hai tàu hộ vệ tên lửa của Trung Quốc cũng tiến về phía Đá Lớn. Khi ta cách Đá Lớn khoảng 4 hải lý, tàu Trung Quốc thả thủy lôi ngăn cản, uy hiếp ta. Trước tình hình đó, ban chỉ huy tàu 505 họp nhận định: Trung Quốc chưa biết ý đồ của ta đưa lực lượng ra đóng giữ đảo, việc thị uy không liên quan đến hành trình, ta cứ cho tàu chạy theo hướng đã định. Tàu 505 bình tĩnh, khôn khéo đưa tàu LCU 556 tiếp tục tiến về phía bắc đảo.
Ngày 15 tháng 2 năm 1988 (tức ngày 29 tết âm lịch năm 1988), theo lệnh của Sở chỉ huy Quân chủng, tàu vận tải HQ-614 Vùng IV tới đảo Đá Đông kết hợp với tàu HQ-851 lập thành biên đội, do Sở chỉ huy phía trước của Vùng IV đang ở tàu 614 chỉ huy. Sở chỉ huy phía trước của Vùng IV gồm Đại tá Lê Văn Thư, Chỉ huy trưởng Vùng IV; Trung tá Nguyễn Văn Dân, Phó tham mưu trưởng Vùng và Trung tá Lê Xuân Bạ, Phó chủ nhiệm chính trị Vùng. Vừa làm nhiệm vụ trực bảo vệ đảo, biên đội vừa triển khai cho bộ đội ở hai tàu ăn tết đón xuân tại đảo Đá Đông.
Ngày 17 tháng 2 năm 1988, Đảng ủy và Bộ Tư lệnh di chuyển một bộ phận quan trọng các cơ quan Bộ Tham mưu, Cục Chính trị, Cục Kỹ thuật, Cục Hậu cần vào Cam Ranh. Đặt Sở chỉ huy Quân chủng lại đây để trực tiếp chỉ huy các lực lượng đơn vị làm nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền quần đảo Trường Sa.
Sau ba ngày đón tết, đến ngày 18 tháng 2, tàu HQ-851 và tàu HQ-614 nhận lệnh đến chốt giữ, bảo vệ đảo Châu Viên. 12 giờ trong ngày 18 tháng 2 tàu tới đảo, tàu HQ-614 hạ xuồng chở 7 cán bộ, chiến sĩ lên đảo cắm cờ Tổ quốc; nước biển cường, anh em thay nhau xuống đảo giữ cờ. Trời tối dần, nước biển lên cao, bãi đá chìm sâu dưới nước, sóng to, anh em giữ cờ Tổ quốc ướt rét, đói, buộc phải quay về tàu. Lúc này, tàu HQ-851 bị rê neo trôi dần ra xa. Biên đội quyết định đưa tàu về đảo Đá Đông.
23 giờ ngày 18 tháng 2, hai tàu tới chốt giữ đảo Đá Đông thì nhận được điện của Sở chỉ huy Quân chủng lệnh "Cho tàu quay trở lại đảo Châu Viên, bằng mọi giá ủi bãi, chấp hành, không được hỏi lại". Tình huống hết sức khẩn trương, 1 giờ ngày 19 tháng 2, hai tàu nhổ neo tiến về đảo Châu Viên. 5 giờ trong ngày tới nơi, tàu HQ-851 được lệnh ủi bãi. Tàu cơ động vào đảo, 3 tàu chiến của đối phương lao đến cắt mũi, ngăn chặn; cán bộ, chiến sĩ tàu 851 không nao núng tiếp tục điều khiển tàu tiến lên tìm cách tiếp cận đảo, tàu đối phương vẫn hung hãn kèm sát, quay súng hia thẳng về đài chỉ huy tàu ta đe dọa.
12 giờ, ngày 19 tháng 2 Sở chỉ huy điện cho tàu HQ-851: "Tiếp tục ủi bãi, Tổ quốc và nhân dân không bao giờ quên các đồng chí". Tàu ta và tàu đối phương giằng co, quanh đảo Châu Viên. Song với ưu thế hơn hẳn, 3 tàu lớn của đối phương áp sát, cản trở, tàu HQ-851 không thực hiện được hành động ủi bãi để đưa tàu và người lên đảo. Tới 16 giờ trong ngày 19 tháng 2 , tàu HQ-851 bị hỏng 1 máy chính và 2 máy phụ, tình hình càng khó khăn hơn. Sở chỉ huy phía trước của Vùng IV nhận định, sức cơ động của tàu ta ngày càng kém đi, sức khỏe của bộ đội cũng mỗi lúc một yếu, tàu đối phương mạnh hơn, nhiều hơn và quyết ngăn chặn ta ủi bãi để chiếm đóng đảo Châu Viên. Trong khi đó, đảo Đá Đông có vị trí cũng rất quan trọng gần đảo Trường Sa Đông hơn đảo Châu Viên, nếu ta cứ giằng co với đối phương ở đảo Châu Viên thì chưa chắc ta giữ được mà có thể còn mất cả đảo Đá Đông. Đồng chí Lê Văn Thư quyết định cho hai tàu quay trở lại đóng giữ đảo Đá Đông trong lúc đối phương đang tập trung lực lượng ở Châu Viên. Trung Quốc chiếm được đảo Châu Viên vào ngày 19 tháng 2.
18 giờ, ngày 19 tháng 2 các tàu HQ-851, HQ-614 quay trở lại đảo Đá Đông, lập tức triển khai đóng giữ đảo. Tàu 614 nhanh chóng cơ động vào vị trí đổ bó, 10 cán bộ, chiến sĩ do đồng chí Dân chỉ huy đổ bộ lên đảo cắm cờ và xây dựng công sự chiến đấu. Tàu HQ-851 tiến vào vị trí chiến đấu, làm nhiệm vụ bảo vệ tàu 614 thực hiện nhiệm vụ xây dựng nhà, công sự phòng thủ trên đảo Đá Đông. Lúc đó là 18 giờ 30 phút ngày 19 tháng 2 năm 1988. Những ngày sau đó, tàu HQ-851 trực bảo vệ đảo bảo vệ các lực lượng của Quân chủng tập kết vật liệu xây dựng các công trình trên đảo Đá Đông cùng với tàu HQ-614.
Ngày 20 tháng 2 năm 1988, các lực lượng đơn vị tàu chiến đấu, vận tải, công binh, bộ binh của Quân chủng vượt qua mọi sự ngăn cản khiêu khích của tàu Trung Quốc nhanh chóng triển khai các hoạt động bảo vệ Trường Sa, đã đóng giữ đảo Đá Lát.
Cũng trong ngày 20 tháng 2, sau khi quan sát thăm dò luồng, tàu 556 tiến vào phía nam đảo Đá Lớn an toàn. Cùng thời gian này, tàu Đại lãnh của công ty trục vớt cứu hộ Sài Gòn kéo tàu HQ-582 và pông-tông Đ02 đi Đá Lớn. Ngày 27 tháng 2, tàu xuất phát từ thành phố Hồ Chí Minh, đến ngày 1 tháng 3, pông-tông Đ02 vào đến vị trí phía bắc đảo Đá Lớn. Ngày 21 tháng 2 năm 1988, Cán bộ, chiến sĩ trên pông-tông Đ02 và lực lượng trên tàu LCU đã đến triển khai lực lượng, xây dựng thế trận phòng thủ bảo vệ đảo Đá Lớn.
Ngày 21 tháng 2 năm 1988, Tư lệnh quân chủng ra lệnh cho Vùng III chuyển trạng thái sẵn sàng chiến đấu từ thường xuyên lên tăng cường; riêng Lữ đoàn 162 và Hải đội tàu tên lửa 131 của Lữ đoàn 172 Vùng I vào tăng cường cho Vùng III từ thường 1 năm 1988, chuyển trạng thái từ thường xuyên lên cao.
Toàn vùng và các lực lượng tàu phóng lôi, tên lùa, tàu quét mìn nhanh chóng thực hiện các biện pháp chuyển vào trạng thái sẵn sàng chiến đấu theo quy dình. Các trạm ra-đa chuyển sang hoạt động quan sát theo phương án tăng cường; các mặt công tác bảo đảm kỹ thuật: hậu cần cho sẵn sàng chiến đấu được khẩn trương tiến hành.
Sau hai ngày, các tàu được bổ sung đủ định mức cơ bản về đạn, lương thực, thực phẩm và nhiên liệu Công tác bảo đảm kỹ thuật, đã hợp đồng với xưởng 50 và phát huy khả năng sửa chừa của các trạm của vùng, sự giúp đỡ chi viện của chuyên gia Liên Xô nhanh chóng khắc phục, sửa chừa những hư hỏng của các tàu chiến đấu và chuẩn bị vũ khí chiến đấu; đã bảo đảm tốt cho 4 tàu tên lửa 205E, (HQ-358, HQ-359, HQ-360, HQ-A61); 4 tàu phóng lôi 206ME (HQ-331, HQ-333, HQ-334, HQ-335); 2 tàu quét mìn 1265E, 1258E (HQ-861, HQ-816), 2 tàu cá HQ-669, HQ-670 và 2 tàu đổ bộ LCU 455, 458, sẵn sàng làm nhiệm vụ theo mệnh lệnh của Quân chủng. Các trạm vũ khí 63, 67 chuẩn bị xong 11 quả ngư lôi trong đó có 4 quả nạp dầu T1 và 14 quả tên lửa chờ lệnh nạp khí ô-gơ.
Ngày 26 tháng 2, Trung Quốc chiếm thêm đảo Ga Ven. Ngày 26 tháng 2, Hải Quân Việt Nam đóng giữ đảo Tiên Nữ, và sang ngày 27 tháng 2, ta chốt giữ thêm đảo Tốc Tan.
Ngày 2 tháng 3, ta tổ chức đóng giữ thêm đảo Núi Le bước đầu tạo được thế đứng chân trên các khu vực quan trọng thuộc quần đảo Trường Sa để ngăn chặn được việc mở rộng phạm vi lấn chiếm của các đối phương. Như vậy đến tháng 3 năm 1988, lực lượng Hải quân ta đã triển khai xây dựng xong thế trận phòng thủ trên các đảo Đá Lát, Đá Đông, Tốc Tan, Tiên Nữ và Đá Lớn, đưa tổng số đảo đóng giữ của ta lên 16, trong đó gồm 9 đảo nổi, 7 đảo chìm.
Trong thời gian đầu tháng 3, Trung Quốc huy động lực lượng của hai hạm đội xuống khu vực quần đảo Trường Sa, tăng số tàu hoạt động ở đây thường xuyên lên 9 đến 12 tàu chiến gồm: 1 tàu khu trục tên lửa, 7 tàu hộ vệ tên lửa, 2 tàu hộ vệ pháo, 2 tàu đổ bộ, 3 tàu vận tải hỗ trợ LSM, tàu đo đạc, tàu kéo và 1 pông tông lớn với ý đồ chiếm giữ 3 đảo Gạc Ma, Cô Lin và Len Đao.
Ngày 4 tháng 3 năm 1988, Thường vụ Đảng ủy Quân chủng họp nhận định: Trung Quốc đã cho quân chiếm giữ Chữ Thập, Châu viên, Ga ven, Xu Bi, Huy Gơ. Ta xây dựng thế trận phòng thủ ở các đảo Tiên Nữ, Đá Lát, Đá Lớn, Đá Đông, Tốc Tan, bước đầu ngăn chặn được hành động mở rộng phạm vi chiếm đóng của Trung Quốc ra các đảo lân cận. Song đối phương có thể chiếm thêm một số bãi cạn xung quanh cụm đảo Sinh Tồn, Nam Yết và đông kinh tuyến 115 độ. Thường vụ xác định: Gạc Ma giữ vị trí quan trọng, nếu để Trung Quốc chiếm giữ sẽ khống chế đường qua lại của ta tiếp tế, bảo vệ chủ quyền quần đảo Trường Sa. Vì vậy, Thường vụ Đảng ủy Quân chủng hạ quyết tâm đóng giữ các đảo Gạc Ma, Cô Lin và Len Đao. Đây là một nhiệm vụ hết sức nặng nề, khẩn trương, bởi trong cùng một lúc hải quân ta phải triển khai đóng giữ cả 3 đảo trong điều kiện phương tiện, trang bị của ta cũ, thô sơ, lực lượng hạn chế. Thường vụ Đảng ủy Quân chủng giao cho Lữ đoàn 125 cử lực lượng thực hiện nhiệm vụ này.
Lúc 19h ngày 11 tháng 3, tàu HQ-604 rời cảng ra đảo Gạc Ma để thực hiện nhiệm vụ trong chiến dịch CQ-88.
Ngày 12 tháng 3, tàu HQ-605 thuộc Lữ 125 do thuyền trưởng Lê Lệnh Sơn chỉ huy được lệnh từ Đá Đông đến đóng giữ đảo Len Đao trước 6h ngày 14 tháng 3. Sau 29 tiếng hành quân, tàu 605 đến Len Đao lúc 5h ngày 14 tháng 3 và cắm cờ Việt Nam trên đảo Len Đao.Thực hiện nhiệm vụ đóng giữ các đảo Gạc Ma và Cô Lin, 9h ngày 13 tháng 3, tàu HQ-604 của thuyền trưởng Vũ Phi Trừ và tàu HQ-505 của thuyền trưởng Vũ Huy Lễ được lệnh từ đảo Đá Lớn tiến về phía Gạc Ma, Cô Lin. Phối hợp với 2 tàu 505 và 604 có hai phân đội công binh (70 người) thuộc trung đoàn công binh 83, bốn tổ chiến đấu (22 người) thuộc Lữ đoàn 146 do Trần Đức Thông Phó Lữ đoàn trưởng chỉ huy và 4 chiến sĩ đo đạc của Đoàn đo đạc và biên vẽ bản đồ (thuộc Bộ Tổng tham mưu). Sau khi hai tàu của Việt Nam thả neo được 30 phút, tàu hộ vệ của Hải quân Trung Quốc từ Huy Gơ chạy về phía Gạc Ma, có lúc đôi bên chỉ cách nhau 500 m.
17h ngày 13 tháng 3, tàu Trung Quốc áp sát tàu 604 và dùng loa gọi sang. Bị uy hiếp, 2 tàu 604 và 505 kiên trì neo giữ quanh đảo. Còn chiến hạm của Trung Quốc cùng 1 hộ vệ hạm, 2 hải vận hạm thay nhau cơ động, chạy quanh đảo Gạc Ma.
Trước tình hình căng thẳng do hải quân Trung Quốc gây ra, lúc 21h ngày 13 tháng 3, Bộ Tư lệnh Hải quân Việt Nam chỉ thị cho Trần Đức Thông, Vũ Huy Lễ, Vũ Phi Trừ chỉ huy bộ đội quyết giữ vững các đảo Gạc Ma, Cô Lin. Tiếp đó Bộ Tư lệnh Hải quân chỉ thị cho lực lượng công binh khẩn trương dùng xuồng chuyển vật liệu xây dựng lên đảo ngay trong đêm ngày 13 tháng 3. Thực hiện mệnh lệnh, tàu 604 cùng lực lượng công binh trung đoàn 83 chuyển vật liệu lên đảo Gạc Ma, tiếp đó lực lượng của Lữ đoàn 146 bí mật đổ bộ, cắm cờ Việt Nam và triển khai 4 tổ bảo vệ đảo.
Lúc này, Trung Quốc điều thêm 2 hộ vệ hạm trang bị pháo 100 mm đến hỗ trợ lực lượng đã đến từ trước, yêu cầu phía VN rút khỏi đảo Gạc Ma. Ban chỉ huy tàu 604 họp nhận định: Trung Quốc có thể dùng vũ lực can thiệp và quyết định chỉ huy bộ đội bình tĩnh xử trí, thống nhất thực hiện theo phương án tác chiến đề ra, quyết tâm bảo vệ Gạc Ma.
Ngày 14 tháng 3, chiến sự diễn ra ác liệt tại khu vực các đảo Gạc Ma, Cô Lin, và Len Đao.
Tại đảo Gạc Ma, vào lúc 7 giờ sáng sớm ngày 14 tháng 3 năm 1988, Trần Đức Thông, Lữ đoàn phó Lữ đoàn 146, từ tàu HQ 604 đang thả neo phát hiện thấy bốn chiếc tàu lớn của Trung Quốc đang tiến lại gần. Tổ 3 người gồm thiếu úy Trần Văn Phương cùng hai thủy thủ là Nguyễn Văn Tư và Nguyễn Văn Lanh đang leo lên 4 gành đá cao tìm cách dựng cột cờ thì các chiến hạm Trung Quốc lúc đó đã tới gần đảo. Bốn Tàu chiến Trung Quốc loại trang bị hỏa tiễn bao quanh đảo và hú còi báo động , các thủy thủ của Trung Quốc trông rất dữ tợ, đầu cạo trọc nhảy lên các dàn súng đại liên quay mũi súng chỉa vào lính HQVN . Hai Chiếc Hải Quân Trung Quốc tiến gần sát hơn và chận đường rút lui của hai chiếc HQ605 và HQ505 . Hai chiếc xuồng máy chở 8 lính vũ trang mặc đồ rằn ri của Trung Quốc lao nhanh vào đảo . Thiếu tá Trần Ðức Thông lập tức ra lệnh cho các Thủy Thủ chiếc HQ604 lên đảo ứng chiến, bảo vệ cho thiếu úy Trần Văn Phương và hai thủy thủ không cho đối phương tiến lên. Các thủy thủ thuộc HQVN đã dàn súng chung quanh 4 ghềnh cao để bảo vệ , phòng thủ 4 hướng.
Trung Quốc thả thêm 3 thuyền nhôm và 40 quân đổ bộ lên đảo giật cờ Việt Nam. Lúc nầy tàu chỉ huy là chiếc HQ604 đã cho phóng loa , nói tiếng Tàu với các bộ đội vũ trang Trung Quốc đang tràn lên bãi " Đây là đảo chủ quyền của VN, yêu cầu các đồng chí thuộc quân đội Nhân Dân Trung Quốc phải rời đảo" "Các đồng chí đã xâm phạm lãnh thổ VN" . Lời nói từ chiếc HQ604 chưa dứt thì Tàu Hải Quân Trung Quốc chiếc 502 khai hỏa đầu tiên. Thuyền trưởng Vũ Phi Trừ chỉ huy quân trên tàu sử dụng các loại súng AK, RPD, B-40, B-41 đánh trả quyết liệt, buộc đối phương phải nhảy xuống biển bơi trở về tàu. Trung quốc thả thêm nhiều Ca Nô loại nhỏ chở hằng trăm lính vũ trang rằn ri khác tràn lên đảo Gạc Ma.Các cây đại liên trên tàu Trung Quốc đã bắn trực xạ vào thủy thủ VN trên đảo, người đứt tay, người đứt đầu, máu văng tung tóe đỏ lòm nước biển. 3 Chiến hạm Trung Quốc còn lại bất ngờ xã hết dàn hỏa tiễn vào 3 tàu chiến của HQVN bốc cháy nghiêng về một bên , các thủy thủ trên tàu hốt hoảng nhảy xuống nước để thoát thân . Lúc nầy hằng trăm lính Trung Quốc trên Đảo Gạc Ma nã súng bắn tỉa từng người của HQVN đang bơi lỏm ngỏm dưới nước . Những tiếng la kinh hoàng , những thân xác bỗng chốc chìm sâu xuống lòng đại dương , máu đỏ nhuộm nước biển lênh láng khắp nơi . Trung Quốc tiếp tục nã pháo, tàu 604 của Việt Nam bị thủng nhiều lỗ và chìm dần xuống biển. Vũ Phi Trừ - thuyền trưởng, Trần Đức Thông - lữ đoàn phó Lữ đoàn 146 hy sinh, Hạ sĩ Nguyễn Văn Lanh bị lê đâm và bắn bị thương. Thiếu úy Trần Văn Phương bị bắn tử thương, trước khi chết anh đã hô: "Thà hy sinh chứ không chịu mất đảo, hãy để cho máu của mình tô thắm lá cờ truyền thống của Quân chủng Hải quân".
Tại đảo Cô Lin, 6h, tàu HQ-505 của Việt Nam đã cắm hai lá cờ trên đảo. Khi thấy tàu 604 của Việt Nam bị chìm, thuyền trưởng tàu 505 Vũ Huy Lễ ra lệnh nhổ neo cho tàu ủi bãi. Phát hiện tàu 505 đang lên bãi, 2 tàu của Trung Quốc quay sang tiến công tàu HQ-505. Khi tàu HQ-505 trườn lên được hai phần ba thân tàu lên đảo thì bốc cháy.
Lúc 8h15, thủy thủ tàu 505 vừa triển khai lực lượng dập lửa cứu tàu, bảo vệ đảo, và đưa xuồng đến cứu thủy thủ tàu 604 bị chìm ở phía bãi Gạc Ma ngay gần đó. Tàu HQ-505 bị phá huỷ nhưng cán bộ, chiến sĩ của tàu dưới sự chỉ huy của thuyền trưởng Vũ Huy Lễ đã hoàn thành nhiệm vụ lịch sử, bảo vệ chủ quyền đảo Cô Lin.
Tại đảo Len Đao, 8h20 ngày 14 tháng 3, Hải quân Trung Quốc bắn mãnh liệt vào tàu HQ-605 của Hải quân Việt Nam. Tàu 605 bị bốc cháy và chìm lúc 6h ngày 15/3, thủy thủ đoàn của tàu bơi về đảo Sinh Tồn.
Thượng uý Nguyễn Văn Chương và trung uý Nguyễn Sĩ Minh tổ chức đưa thương binh và chiến sĩ về tàu 505 (sau khi bị bắn cháy nằm trên bãi Cô Lin). Thi hài các chiến sĩ Nguyễn Văn Phương, Nguyễn Văn Tư, cùng các thương binh nặng được đặt trên xuồng. Số người còn sức một tay bám thành xuồng một tay làm mái chèo đưa xuồng lết trên mặt nước để tới bãi Cô Lin.
Trong trận chiến ngày 14 tháng 3 năm 1988, Việt Nam bị thiệt hại 3 tàu bị bắn cháy và chìm, 3 người tử trận, 11 người khác bị thương, 70 người bị mất tích. Sau này Trung Quốc đã trao trả cho phía Việt Nam 9 người bị bắt, 61 người vẫn mất tích và được xem là đã tử trận. Việt Nam bị chiếm đảo Gạc Ma nhưng vẫn bảo vệ được chủ quyền tại các đảo Cô Lin và Len Đao cho đến nay. Các chiến sĩ Vũ Phi Trừ, Trần Đức Thông, Vũ Huy Lễ, Nguyễn Văn Lanh, Trần Văn Phương được truy tặng và phong tặng danh hiệu Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân. Hàng chục tập thể và cá nhân được tặng thưởng huân chương Quân công, huân chương chiến công các loại.
Ngày 23 tháng 3 năm 1988, Trung Quốc chiếm thêm đảo Xubi. Ngày 31 tháng 3 năm 1988, Tư lệnh Hải quân lệnh cho Vùng 4, Lữ đoàn 125, Lữ đoàn 146; các hải đội 131, 132, 134 của Lữ đoàn 172 chuyển trạng thái sẵn sàng chiến đấu cao; đồng thời lệnh cho Vùng 1, Vùng 3 và Lữ đoàn 125 ở Hải phòng chuyển trạng thái sẵn sàng chiến đấu tăng cường. Bộ Tư lệnh Hải quân điều động 41 tàu thuyền và phương tiện nổi của Lữ đoàn 125, Cục Kinh tế, Vùng 1, Vùng 3, Vùng 5, Trường sĩ quan Hải quân, Nhà máy Ba Son, X51 tiếp nhận 3 tàu của nhà nước, 3 tàu của Tổng cục Hậu cần và 2 tàu của Quân khu 5 đến phối thuộc hoạt động khi cần thiết
Trải qua hơn 5 tháng, vượt qua mọi thử thách, khó khăn, được sự chi viện của các lực lượng trong toàn quân, của các đơn vị ngành vận tải, cứu hộ của Nhà nước và nhân dân ở nhiều tỉnh, thành ven biển, Quân chủng Hải quân đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ CQ-88, đóng giữ và bảo vệ thắng lợi 11 đảo mới với 32 điểm đóng quân.
Ngày 7 tháng 5 năm 1988, tại lễ kỷ niệm 33 năm ngày thành lập Hải quân nhân dân, Đại tướng Lê Đức Anh, ủy viên Bộ Chính trị, Phó bí thư Đảng ủy quân sự Trung ương, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng đến thăm cán bộ, chiến sĩ trên quần đảo Trường Sa. Đại tướng biểu dương: "Hải quân đã tích cực, kiên trì thực hiện nghị quyết của Bộ Chính trị, mệnh lệnh của Bộ Quốc phòng về bảo vệ quần đảo Trường Sa. Mặc dù có nhiều khó khăn, song đã nỗ lực thực hiện nhiệm vụ được giao".Tại cuộc mít tinh ở đảo Trường Sa, Đại tướng phát biểu nhấn mạnh: "Nhân kỷ niệm ngày thành lập Hải quân nhân dân Việt Nam trên đảo chính của quần đảo Trường Sa, có mặt đông đủ các Tổng cục, các quân chủng, đại biểu tỉnh Phú Khánh, chúng ta xin thề trước hương hồn của Tổ tiên ta, trước hương hồn của cán bộ, chiến sĩ đã hy sinh vì Tổ quốc, xin hứa trước đồng bào cả nước, xin nhắn nhủ với các thế hệ mai sau: Quyết tâm bảo vệ bằng được Tổ quốc thân yêu của chúng ta, bảo vệ bằng được quần đảo Trường Sa - một phần lãnh thổ và lãnh hải thiêng liêng của Tổ quốc thân yêu của chúng ta".
Ngày 5 tháng 7 năm 1988, Đảng ủy Quân chủng họp nhận định: Sau những hành động khiêu khích quân sự vừa qua, Trung Quốc sẽ tiếp tục có những âm mưu cô lập hạn chế hoạt động của ta để mở rộng quyền kiểm soát, khống chế vùng biển Đông. Đúng như dự đoán của ta, trên vùng biển và xung quanh khu vực quần đảo Trường Sa, Trung Quốc thường xuyên duy trì từ 10-15 tàu, trong đó có 4-6 tàu chiến.
Đầu tháng 9 năm 1988, Trung Quốc đưa tàu trinh sát bằng vô tuyến điện xuống trinh sát 21 đảo ta đang đóng giữ, uy hiếp chiếm lại khi thời cơ thuận lợi và tuyên truyền về chiến lược biển và kinh tế biển, tập trung vào dầu khí thuộc khu vực thềm lục địa phía Nam của Việt Nam. Trước tình hình đó, Đảng và Nhà nước ta chủ trương xây dựng tại khu vực thềm lục địa phía Đông Nam thuộc tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu cụm kinh tế, khoa học, dịch vụ phục vụ phát triển kinh tế đất nước và giao nhiệm vụ cho Quân chủng Hải quân bảo vệ. Ngày 26 tháng 10 năm 1988, Phó đô đốc Giáp Văn Cương, Tư lệnh Hải quân giao nhiệm vụ cho Lữ đoàn 171 làm nhiệm vụ bảo vệ thềm lục địa phía Đông Nam (DK1). Đây là vùng có ý nghĩa chiến lược quan trọng cả về chính trị, kinh tế và quốc phòng - an ninh của đất nước.
Ngày 6 tháng 11 năm 1988, một biên đội hai tàu HQ-713 và HQ-688 thuộc Lữ đoàn 171, do các đồng chí Phạm Văn Thư, Nguyễn Hồng Thưởng chỉ huy rời cảng ra khơi. Sau hơn mười ngày hành quân trên biển, hai tàu đã đến vị trí tiến hành đo đạc khảo sát, đánh dấu, xác định vị trí thả neo làm nhà trên vùng biển rộng 60.000 km2. Trên cơ sở đó, ngày 26 tháng 11, Sở chỉ huy Quân chủng lệnh cho hai tàu HQ-713 và HQ-668 (Hải đoàn l71), do trung tá Hoàng Kim Nông, Phó Lữ đoàn trưởng về chính trị chỉ huy và hai tàu HQ-727, HQ-723 (Lữ đoàn 129), do trung tá Trần Xuân Vọng, Hải đoàn trưởng chỉ huy trực sẵn sàng chiến đấu.
